今年も去年同様に外出しないで過ごす連休となってしまいました．コロナウィルスの性質は既によく知られていたので，変異株が入り乱れる今の状況は当然予想されて然るべきでした．こうなると，今後の展開は偶然の結果次第なので，Googleだろうが誰であろうが予測不能なはず．この状況は地震と似ている．地震がいつ来るかは基本的に予測不能だから，その不確実性のもとに生活している私たち日本人には，今の状況に対処する素養があるはず．様々なケースを想定した準備と心構えが，今のコロナを乗り切るには重要なんだと考えてます．
ということで，今日は時間ができたので，連休明けのセミナーのネタ探しを兼ねてJMPで遊んでます．そもそも『イギリス型』『南アフリカ型』『ブラジル型』の三つの変異株がどのように勢力を拡大しているのかと，ふと疑問に思ったのがきっかけ．検索すれば，すぐに東京iCDCにおける変異株スクリーニング検査についてというページが見つかったので，このページのグラフを再現してみます．データはこの表をスクロールダウンして，「都内の変異株の発生割合（東京都健康安全研究センターによる調査）」のグラフの下にPDFへのリンクがあるので，そこからダウンロードします．
ご存知の通りJMP15からPDFウィザードが実装されたので，このデータをJMPに取り込むのは簡単です．日本語のPDFだと文字化けして上手く行かないことも多いけど，これは問題なし．しかもお役所のPDFにありがちな凝ったレイアウトもされてないから，変換も簡単にできる．一つやっておいた方がいいのは，左上のセルを右クリックして「列の分割線を追加」です．というのも，このPDFをJMPが自動検出すると，テーブルに空白セルが入るので，変数名をうまく取り込めないからです．言葉で説明するのは難しいけど，この図のように手動で分割線を追加すればOKです．
その後，テーブルの設定上端をマニュアルでタイトルが入らないように変更し，その上で赤三角から「見出しとして使用する行数」を「2」にします．これでようやく1行目のタイトルを分離して所望の変数名を取り込めます．プレビューだとこのようになるはず．
『OK』してテーブルを作成したら，1行目が不要なので削除して，テーブルの期間の変数を積み重ねます．それから，「列4」をフィルタリングして「陽性数」だけを残します．あとは「グラフビルダー」で積み上げ棒グラフを描けばいいんだけど，デフォルトではこのようになって，東京都のグラフと違います．
東京都のグラフでは縦軸が割合になっているからだけど，JMP15から実装された機能を使えば，新たな計算式を作ることなく，このグラフが再現できます．それには設定パネルの「要約統計量」を『各因子水準内での%』にします．
このグラフを自ら描いてみて，改めて気付いたのは，N501YとE484Kのせめぎ合いが起こっているんだなということ．そしてなぜか東京では，4月半ばまではE484KがN501Yを抑え込んでいた模様．4月19日の週にE484Kがガクッと減少してバランスが崩れた理由は不明だけど，この後のデータを見てみないとなんとも言えない．
おそらく東京では大阪とも違う戦況になっていたんだろう．N501Y株もE484Kも，共に従来のウイルス株よりも感染力が強いらしいけど，N501Y株の方が重症化しやすく致死率は従来の約1.6倍とされています．だから，東京では重症化率は低く抑えられているのかもしれない．昨日の時点で，ECMO装着者数は大阪が15人に対して，東京が5人．N501Yの勢力が東京でも拡大して，大阪と同じ状況になるのか．
大阪のECMO症例の年齢の中央値は第三波までが67歳だったけど，この第四波では53歳と明らかに様子が違うのも気になる．大阪の皆さんは，今までとは違うという状況を認識し，それを踏まえた意思決定が，東京に皆さんは様々なケースを想定した準備と心構えが必要かもしれません．こういうときこそ，自ら分析した情報は信頼できますね．
それでは．
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